佩加蒙博物馆（Pergamon Museum）是为了收藏佩加蒙祭坛而量身定做的博物馆，也是柏林博物馆岛最令人瞩目的博物馆之一，始建于1910年，1930年开放，以收藏古希腊和中东伊斯兰古典艺术为特色，并收藏有复制的原有尺寸著名伊斯兰和古希腊文化建筑。


佩加蒙博物馆主要包括三大部分，古典收藏馆收藏了希腊罗马时期的佩加蒙祭坛、米勒图斯之门等；西亚细亚馆展示了亚述、闪族和巴比伦文化，其中有伊什塔门和中央大道等；伊斯兰艺术馆汇集了8-19世纪艺术品，其中17世纪的阿勒坡房间也是非常著名的藏品。